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中彩网xxyxccxxyxus: 我國成功構建綜合植物miRNA數據庫

2019-10-16 16:31:09 來源.:中國食品報網
【北京市農林科學院楊效曾研究員課題組與北京大學生命科學院合作,近日通過對88種覆蓋了從低等水生植物到高等被子植物中小分子RNA數據的深度挖掘,對這些植物中的miRNA進行系統鑒定、注釋和分析,構建了迄今為止世界上最為綜合全面的植物miRNA數據庫——PmiREN?!?/div>

   本報訊 北京市農林科學院楊效曾研究員課題組與北京大學生命科學院合作,近日通過對88種覆蓋了從低等水生植物到高等被子植物中小分子RNA數據的深度挖掘,對這些植物中的miRNA進行系統鑒定、注釋和分析,構建了迄今為止世界上最為綜合全面的植物miRNA數據庫——PmiREN。該研究成果于近日被《核酸研究》期刊接收,北京大學博士研究生郭仲龍、匡正、博士后王穎和北京市農林科學院助理研究員趙永欣為共同第一作者,北京大學李磊教授和北京市農林科學院研究員楊效曾為共同通訊作者。
 
  miRNA是真核生物中廣泛存在的一類非編碼RNA,成熟的miRNA是僅有20—22個堿基的單鏈小分子RNA,跟蛋白質等大分子相比,分子量很小,是個“小個子”。從2002年第一批植物中的miRNA被發現以來,miRNA陸續被發現參與了植物中很多重要的功能,如生長、發育和對外界環境的刺激響應等。“目前植物學界普遍認為miRNA參與了幾乎所有的植物生命過程,無處不在,是個‘大角色’。”楊效曾介紹。
 
  植物miRNA綜合數據庫——PmiREN有幾大突出特點:一是擁有完整的miRNA信息,涵蓋了從水生植物到被子植物共88個物種;二是首次發現了大量作物中特異的miRNA,新構建的數據庫中第一次發現的miRNA達16000個,不少主要作物如玉米、水稻、小麥等是第一次發現的。這些小RNA潛在與重要的農藝性狀相關,挖掘這些小RNA的功能,對改良作物農藝性狀將具有重要的應用價值;三是通過綜合的數據挖掘,獲得了大量miRNA相關的信息,包括miRNA基因簇信息、表達信息、共線性分析結果、靶基因預測結果等,并進行了全面、詳實、直觀的信息呈現;四是提供了多種數據庫檢索和搜索的方式,同時用戶可以方便地下載數據庫中所有的數據。
 
  PmiREN數據庫上線后,得到了國內外該研究領域的廣泛關注。短短3個月,就接收了全球范圍內超過20個國家150多個地區的訪問。訪問量超過56000次。楊效曾表示,該數據庫的出現為系統研究植物miRNA的進化和尋找新miRNA的功能奠定了堅實的基礎。
 
 ?。ㄅ黹?趙永欣)




編輯:康思楠
 
 

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